如果厂家生产的药或药店出售的药被微生物污染，那么这些药就变成了假药。是不允许出售流通的。如果是消费者买回家后，由于种种原因使药品受到污染。这会引起药品变质。轻者有效成分被分解而失去药效；重者由于微生物分解可能会产生某些毒素，造成病人的机体反应，引发疾病甚至危及生命。
微生物污染药品比如满水污染外包装，哪怕内包装是真空，规定必须销毁药品，确保药品安全。
药品被微生物污染的来源：原材料、辅料、生产过程控制、环境条件、操作人员、包装材料等.艾滋病是一种危害性极大的传染病，由感染艾滋病病毒（HIV病毒）引起。HIV是一种能攻击人体免疫系统的病毒。它把人体免疫系统中最重要的T淋巴细胞作为主要攻击目标，大量破坏该细胞，使人体丧失免疫功能。
微生物污染主要有以下几种：细菌污染 这是最常见的微生物污染之一。细菌广泛存在于自然界，包括土壤、水、空气和生物体。在生产加工食品、药品和水处理过程中，若操作不当或卫生条件不佳，很容易引起细菌污染。这些细菌不仅影响产品质量，还可能对人体健康造成危害。
湿度 空气中的水蒸气含量称为湿度。湿度是空气中最易变动的部分，随地区、季节、气温的不同而波动。湿度对药品保管影响很大。湿度过大，能使药品吸湿而发生潮解、稀释、变形、发霉；湿度太小，易使含结晶水的药品风化（失去结晶水）。
对于药品、食品和生物工程生产来说，生产过程或/和产品有着严格的微生物要求，而生产环境是微生物污染的一个重要来源和控制环节。因此，在这类生产车间中必须严格控制环境微生物的数量，通常是通过对生产车间实施密封并对内部空气进行严格过滤，达到所要求的洁净度来实现的。
检验要求环境不同 （1）无菌检查是在洁净的A级单向流通空气区或隔离系统中进行的。整个过程应严格遵守无菌操作，防止微生物污染。必须验证单向气流区域和工作台的清洁度。生物制品的无菌检验按照《中国生物制品规程》中有关无菌检验的规定执行。
检测时，窗户和空调要关闭，或用酒精对房间进行喷雾消毒，避免房间内空气流通影响超净台内部环境（最好在有通排风系统的恒温恒湿无菌间进行操作）。如果在原来的原料微生物检测室进行检测，要定期开启紫外灯，对房间进行杀菌。小环境（超净工作台）定期清洁初效过滤器，要及时更换。
净化工作台是什么？净化工作台是一种提供局部高洁净工作环境、通过性较强的净化设备。在教学、医药 卫生、电子、生物工程、科学实验等方面应用广泛，是微生物学、组织培养、分子生物学实验 常用仪器之一。
加强洁净区域的清洁和消毒：定期进行彻底的清洁和消毒，包括地面、墙壁、天花板、工作台、设备和器具等。使用适当的消毒剂，确保彻底杀灭细菌和微生物。 控制空气质量：洁净区域应安装和维护有效的空气过滤系统，如高效过滤器和空气净化设备。
1、洁净环境。不同生产工序的生产环境会有相应的洁净级别要求，你可以参考《药品生产质量管理规范实施指南》进行，里面对不同剂型药品生产环境有具体的描述。
2、空气空气携带病原微生物更有其随意性， 所检测的大部分病原微生物都是由空气带入的，由于蛋库、孵化厅特定的环境要求有大量的空气流通， 此环节的控制往往成为难点。在管理中，要求对进气孔、过滤网每周不少于3次的卫生清理，尤其对孵化、出雏器的进、出风口要时常保持清洁， 以防细菌循环传播。
3、药品在生产过程中因卫生消毒不合格可能造成微生物污染，这就是药品的质量问题，需药品生产过程中是否造成微生物污染，就需对药品质量进行检验，其中一项检验就是微生物检测。微生物检测就要学习微生物学。
4、一）同一设备连续生产同一原料药或阶段性生产连续数个批次时，宜间隔适当的时间对设备进行清洁，防止污染物（如降解产物、微生物）的累积。如有影响原料药质量的残留物，更换批次时，必须对设备进行彻底的清洁。（二）非专用设备更换品种生产前，必须对设备（特别是从粗品精制开始的非专用设备）进行彻底的清洁，防止交叉污染。
5、无菌操作人员：人员的无菌操作非常重要，因为有可能直接或近距离与药品接触而带来微生物的污染。无菌操作人员可能存在的风险主要有：①非生产人员的无菌操作意识不强而导致环境、设备、药品的污染。②目前的无菌防护装置无法保证人员本身带来的污染。③无菌操作人员经常接触手套可能污染手部。
6、温度控制：在生产过程中，特别是在腌制、发酵、烘烤等环节，需要严格控制温度，以防止微生物滋生和食品腐败。水质管理：生产用水应符合饮用水标准，定期检测水质，确保水源的安全卫生。
